16.09.2008 - 10.12.2008

В групповом турнире участвуют 32 клуба - 16 победителей третьего отборочного раунда и 16 команд, попавших в эту стадию автоматически. Разбившись на 8 групп по четыре клуба, участники с сентября по декабрь проводят по шесть матчей - каждый с каждым дома и на выезде. Две лучшие команды каждой группы выходят в 1/8 финала. Обладатели третьих мест попадают в 1/16 финала Кубка УЕФА.

Группа А
Челси (Англия)
Рома (Италия)
Бордо (Франция)
ЧФР Клуж (Румыния)

Группа B
Интер (Италия)
Вердер (Германия)
Панатинаикос (Греция)
Анортосис (Кипр)

Группа C
Барселона (Испания)
Спортинг (Португалия)
Базель (Швейцария)
Шахтер (Украина)

16.09.2008 Базель - Шахтер
01.10.2008 Шахтер - Барселона
22.10.2008 Шахтер - Спортинг
04.11.2008 Спортинг - Шахтер
26.11.2008 Шахтер - Базель
09.12.2008 Барселона - Шахтер

Группа D
Ливерпуль (Англия)
ПСВ Эйндховен (Голландия)
Марсель (Франция)
Атлетико М (Испания)

Группа E
Манчестер Юнайтед (Англия)
Вильярреал (Испания)
Селтик (Шотландия)
Ольборг (Дания)

Группа F
Лион (Франция)
Бавария (Германия)
Стяуа (Румыния)
Фиорентина (Италия)

Группа G
Арсенал (Англия)
Порту (Португалия)
Фенербахче (Турция)
Динамо К (Украина)

17.09.2008 Динамо - Арсенал
30.09.2008 Фенербахче - Динамо
21.10.2008 Порту - Динамо
05.11.2008 Динамо - Порту
25.11.2008 Арсенал - Динамо
10.12.2008 Динамо - Фенербахче

Группа H
Реал М (Испания)
Ювентус (Италия)
Зенит (Россия)
БАТЭ (Беларусь)